改革后的本院内设机构设置为第一检察部、第二检察部、第三检察部、第四检察部、第五检察部、第六检察部、司法行政事务管理局（办公室）、政治部（机关党委）等8个内设机构。主要职责是：
（1）第一检察部。负责办理侵犯公民人身权利、民主权利罪、侵犯财产类犯罪、妨害社会管理秩序（毒品犯罪）的审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展立案监督、侦查监督、审判监督以及相关案件的补充侦查。
（2）第二检察部。负责危害国家安全、危害公共安全、破坏社会主义市场经济秩序、妨害社会管理秩序犯罪（毒品犯罪除外）、危害国防安全利益类犯罪的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展立案监督、侦查监督、审判监督以及相关案件的补充侦查；负责未成年人检察工作；负责办理监察委移送的犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、诉讼监督等工作。
（3）第三检察部。负责刑事执行检察等工作。
（4）第四检察部。负责民事、行政、公益诉讼检察等工作。
（5）第五检察部。负责控告申诉检察等工作。
（6）第六检察部。负责案件管理、检务督察、法律政策研究、人民监督员等工作；承担检察委员会日常工作。
（7）司法行政事务管理局（办公室）。负责机关文电、会务、机要、档案、保密、新闻宣传、检务保障、检察技术、检察信息化等工作。
（8）政治部（机关党委）。负责思想政治工作和组织人事工作；负责机关党群等工作。
根据高检发政字〔2018〕66号文件有关精神，统一设置司法警察大队。
东西湖区人民检察院对东西湖区人民代表大会及其常委会负责并报告工作，接受武汉市人民检察院的领导，依法履行法律监督职能，保证国家法律的统一和正确实施。
